益生菌根據「國際益生菌與益菌質科學協會」(International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics,ISAPP)的定義,「攝食足夠的量時,能對人體產生健康效益的活的微生物。」WHO世界衛生組織也說明益生菌(Probiotic)是活的微生物,攝取足夠益生菌對人體有好處。
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益生菌的定義是「一般認為食入體內後對宿主(如動物或人類)有正面效益的食入性微生物」,因此益生菌就是一種促進健康的維生物,最常見的有乳酸桿菌(Lactobacilli)及比菲德氏菌(Bifidobacteria)。